CAIRBOS99 memulai permainan dari sebuah bangunan kosong dengan satu kolam utama yang belum memiliki penghuni. Pemain menentukan karakter habitat pertama melalui kedalaman air, jenis dasar kolam, tanaman, batu, serta pencahayaan. Setelah kondisi tersebut stabil, beberapa spesies dapat diperkenalkan secara bertahap dan setiap penambahan akan memengaruhi keseimbangan lingkungan yang sudah terbentuk.

Perkembangan Situs CAIRBOS99 tidak hanya bergantung pada banyaknya koleksi karena setiap zona mempunyai kebutuhan tersendiri. Habitat sungai memerlukan arus buatan, kolam malam menggunakan pencahayaan redup, sementara ruang air dingin membutuhkan pengaturan suhu khusus. Pemain dapat memasang sensor pada setiap area untuk mengetahui bagian mana yang perlu disesuaikan sebelum kondisi berubah terlalu jauh.

Semakin banyak habitat yang selesai membuat bangunan berkembang menjadi kompleks akuarium bertingkat. Pemain mulai merancang lorong pengunjung, terowongan kaca, ruang observasi, dan jalur staf tanpa mengganggu area pemeliharaan. Target akhirnya adalah melengkapi 99 habitat dengan karakter berbeda sekaligus membuat setiap lantai mempunyai pengalaman eksplorasi yang tidak sama.